Avhandlingar och publikationer

Identification and characterization of host factors involvedin orthoflavivirus infection

Publicerad 22 oktober 2025

Marie Peters, Umeå Universitet

Sammanfattning

Orthoflavivirus är virus som sprids av myggor och fästingar och kan orsaka sjukdomar hos människor som varierar från milda till allvarliga. Varje år smittas miljontals människor, men det finns fortfarande inga effektiva antivirala behandlingar. Kända medlemmar i denna grupp är bland annat fästingburet encefalitvirus (TBEV), West Nile-virus (WNV) och Zika-virus (ZIKV). Precis som alla virus producerar orthoflavivirus sina egna proteiner, men de är också beroende av värdcellens proteiner för att överleva och föröka sig. Vissa av dessa värdproteiner är kända, men många är fortfarande okända. I denna avhandling har jag använt olika metoder för att identifiera och studera tidigare okända värdproteiner som är viktiga vid orthoflavivirusinfektioner. Att förstå hur dessa proteiner samspelar med viruset kan hjälpa oss att förklara hur sjukdom utvecklas och bidra till utvecklingen av nya behandlingar.

Först använde vi proteomic phage display (ProP-PD) för att studera interaktioner mellan virala och mänskliga protein genom så kallade korta linjära motiv (SLiMs). Med denna metod identifierade vi Polyadenylate-bindande protein 1 (PABP1) som en viktig värdfaktor för re-plikation av många RNA-virus, inklusive orthoflavivirus.

Därefter identifierade vi protein i närheten av det virala proteinet TBEV-NS4B med hjälp av en ascorbatperoxi-das- (APEX2) screening. Detta ledde till upptäckten av Acyl-CoA Binding Do-main Containing 3 (ACBD3), ett protein som krävs för att TBEV och Langat-virus (LGTV) ska kunna replikera och pro-ducera nya viruspartiklar. ACBD3 styr transporten mellan det endoplasmatiska nätverket och golgiapparaten, en process som dessa virus utnyttjar i sin livscykel.

Vi studerade också nukleoporiner (NUPs), protein som reglerar transpor-ten mellan cellkärnan och cytoplasman. Vi fann att orthoflavivirus rekryterar NUP153 och NUP98 från kärnan till cytoplasman, där de binder viralt RNA. Våra resultat visar att NUP153 bidrar till att kontrollera viral translation (från RNA till protein), medan NUP98 stödjer viral replikation.

Slutligen testade vi om små peptider kan blockera virus–värd-interaktioner och fungera som antivirala medel. Peptider riktade mot PABP1 och NUP98 var effektiva mot flera orthoflavivirus, och kan därmed vara lovande för utvecklingen av nya behandlingar. Sammanfattningsvis ger denna avhandling nya insikter i hur orthoflavivirus utnyttjar värdcellens protein och processer för att kunna föröka sig. Dessa upptäckter kan bidra till utvecklingen av antivirala läkemedel och nya strategier för att bekämpa dessa infektioner i framtiden.

Ingående delarbeten

I. Mihalič, F., Simonetti, L., Giudice, G., Sander, M. R., Lindqvis, R., Peters, M. B. A., Benz, C., Kassa, E., Badgujar, D., Inturi, R., Ali, M., Krystkowiak, I., Sayadi, A., Andersson, E., Aronsson, H., Söderberg, O., Dobritzsch, D., Petsalaki, E., Överby, A. K., Jemth, P., Davey, N. E., Ivarsson, Y. Large-scale phage-based screening reveals extensive pan-viral mimicry of host short linear motifs. Nat Commun 14, 2409 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-38015-5 

II. Yau, W. L.*, Peters, M. B. A.*, Rönfeldt, S., Sorin, M., Lindqvist, R., Pulkkinen, L. I. A., Carlson, L. A., Överby, A. K., Lundmark, R. The ACBD3 protein coordinates ER-Golgi contacts to enable productive TBEV infection. J Virol 99:e02224-24 (2025).
https://doi.org/10.1128/jvi.02224-24 (*Authors contributed equally)

III. Peters, M. B. A., Lindqvist, R., Kassa, E., Yau, W. L. Sengupta, P., Sabouri, N., Ivarsson, Y., Lundmark, R., Överby, A. K. The proviral factor NUP153 binds viral proteins and RNA to modulate protein translation at viral amplification site early in flavivirus infection. Manuscript.

IV. Peters, M. B. A., Lindqvist, R., Madhu, P., Lundmark, R., Ivarsson, Y., Överby, A. K. NUP98 sits at the orthoflavivirus replication organelle, regulates repli-cation through interaction with vRNA and can be targeted for antiviral purposes. Manuscript.

Kort om mig

Jag har tyskt/nigerianskt ursprung, men jag tillbringade större delen av min barn-dom och tonår i Colombia innan jag flyttade tillbaka till Tyskland för universitetsstudier. Jag tog min kandidatexamen i molecular life science vid universitetet i Lübeck, där jag utvecklade ett intresse för molekylära tekniker. Därefter flyttade jag till Sverige där jag fullföljde en masterexamen i molekylärbiologi vid Umeå universitet. Under denna tid utvecklade jag en passion för virologi, vilket fick mig att stanna i Umeå för att genomföra en doktorandutbildning i Anna Överbys forskargrupp.

Nu när jag framgångsrikt har avslutat min doktorsexamen är mitt nästa karriärsteg en tjänst som postdok-tor vid Karolinska institutet i Stockholm, där jag ser fram emot att lära mig nya tekniker, inspireras av mina nya kollegor och utvecklas som forskare.

Även om jag ser forskning och vetenskap som en hobby eftersom jag har så roligt när jag arbetar med det, har jag också andra intressen. Under sommarmånaderna kan ni hitta mig på min landsvägscykel, medan jag vintertid föredrar mysiga kvällar inomhus med brädspel, eller att njuta av trashiga realityserier eller true crime-dokumentärer.

Att ta min doktorsexamen har varit en av mina största prestationer, men att äta tio pannkakor (till efterrätt) på torsdags-lunchbuffén förblir min allra största bedrift.