Avhandlingar och publikationer

On gastrointestinal viral infections

Publicerad 2 december 2022

Thomas Andreasson

Sammanfattning

Avhandlingens övergripande mål var att undersöka och utvärdera faktorer som påverkar sjukdomsgrad och spridning av virala magtarminfektioner.

I delarbete I studerades patienter som sökte med kräkningar och/eller diarré på akutmottagningen. Målet var att identifiera faktorer som kunde kopplas till ett positivt virustest för magsjuka. Två faktorer var starkt kopplade till ett positivt test: Minst tre lösa avföringar under de senaste fem dygnen och symtom som inte varat längre än två dygn. En modell utformades för att skilja ut patienter som inte har magsjuka. Vart och ett av följande uppfyllda kriterier gav 1 poäng: Minst tre lösa avföringar de senaste fem dygnen, minst två kräkningar de senaste fem dygnen eller symtom som inte varat längre än två dygn. En poängsumma mindre än 2 innebar en mycket låg risk för virusorsakad magsjuka (inga patienter hade virusorsakad magsjuka och < 2 poäng).

I delarbete II undersökte vi patienter som var 60 år eller äldre som vårdats på sjukhus på grund av rotavirusinfektion. Resultaten visade att dessa patienter i allmänhet var relativt friska och hade få andra sjukdomar. Få (2,5%) dog inom en månad efter att ha testat positivt för rotavirus.

I delarbete III undersökte vi hur antalet positiva test för magsjukevirus varierade med förändringar i olika väderfaktorer (t.ex. utomhustemperatur, luftfuktighet och nederbörd). Antalet positiva prov för norovirus och rotavirus ökade på vintern och var starkt kopplade till torr luft (låg absolut luftfuktighet) och låg temperatur. Plötsligt sjunkande absolut luftfuktighet sammanföll med början av den årliga norovirusepidemin samtliga sju år av studien.

I delarbete IV undersöktes inte ett typiskt magsjukevirus, utan SARS-CoV-2. Vi tog avföringsprover från 112 patienter som vårdades med sjukhuskrävande COVID-19. Åttioåtta (79%) avföringsprover var positiva för SARS-CoV-2. Virusförekomst i avföringen hade ingen säker koppling till svårighetsgrad av COVID-19. Genetiskt material innehållande SARS-CoV-2 spike-protein från avföringsprov och nasofarynxprov jämfördes med hjälp av sekvensering. Det genetiska materialet i avföringen uttryckte större genetisk variation, vilket skulle kunna tyda på virusreplikation i tarmen.

Avhandlingen baseras på följande delarbeten:
I. Andreasson T*, Gustavsson L, Lindh M, Bergbrant IM, Raner C, Ahren C, Westin J, Andersson LM. Evaluation of anamnestic criteria for the identification of patients with acute community onset viral gastroenteritis in the emergency department – A prospective observational study. Scandinavian Journal of Infectious Diseases. 2014;46(8):561-5.

II. Beck-Friis T, Andersson M, Gustavsson L, Lindh M, Westin J, Andersson LM. Burden of rotavirus infection in hospitalized elderly individuals prior to the introduction of rotavirus vaccination in Sweden. Journal of Clinical Virology. 2019;119:1-5.

III. Beck-Friis T, Sundell N, Gustavsson L, Lindh M, Westin J, Andersson LM. Outdoor absolute humidity predicts seasonal variation of norovirus GII infection. Submitted manuscript.

IV. Beck-Friis T∞, Kärmander A∞, Nystrom K, Wang H, Gisslen M, Andersson LM, Norder H. Comparison of SARS-CoV-2 spike RNA sequences in feces and nasopharynx indicates intestinal replication. Gut Pathogens. 2022;14(1):35.