Avhandlingar och publikationer
Epidemiology of viral respiratoryinfections with focus on in-hospitalinfluenza transmission
Publicerad 12 juni 2020
Martina Sansone
Kort sammanfattning
Min avhandling syftar till att fördjupa kunskapen om spridningsmönster av luftvägsvirus med fokus på sjukhusmiljö och hur nya molekylärbiologiska tekniker kan användas för att klargöra smittvägar och detaljstudera utbrott.
I första delarbetet jämfördes retrospektivt fynd av humant rhinovirus (HRV) i 114 luftvägsprov tagna mellan 2006 – 2010 i Göteborgsregionen med rapporterade fynd av HRV från övriga delar av världen. Vi fann en stor variabilitet av subtyper och ett globalt spridningsmönster som kan vara en delförklaring till varför HRV är ett så framgångsrikt virus.
I delarbete två kartlades ett sjukhusutbrott av influensa B, där en koppling i tid och rum mellan 20 patienter kompletterades med helgenomsekvensering och fylogenetisk analys av virussekvenser. Sjukhusspridning påvisades genom detaljerad granskning av nukleotidvarianter i kombination med tidpunkt för symtomdebut och epidemiologisk koppling mellan patienter. Vi fann betydande stöd för spridning av influensa även mellan patienter som inte delat rum med varandra.
I delarbete tre genomfördes en retrospektiv journalgenomgång av samtliga vuxna patienter som vårdats inneliggande på Sahlgrenska Universitetssjukhuset under säsongen 2016/17 med laboratorieverifierad influensa A. Vi fann att 114/435 (26%) av patienterna uppfyllde kriterier för vårdrelaterad influensainfektion och att dessa hade en hög dödlighet inom 30 dagar. Genom släktskapsanalys undersökte vi även alla fall provtagna inom 7 dagar från samma vårdavdelning och fann då 8 kluster med ≥3 fall och 10 par av sekvenser med mycket nära släktskap talande för att smitta på sjukhusavdelningar är vanligt förekommande.
I delarbete fyra beskrivs en s k systemdynamisk modell för smittspridning av influensavirus på ett typsjukhus skapat utifrån patientflöden, patientfaktorer och virusfaktorer. Efter att ha konstruerat modellen användes den för att simulera olika scenarier och studera relativ effekt av olika förebyggande åtgärder för spridning av influensa inom sjukhuset. Av påverkbara faktorer visade sig profylax till samvårdade patienter och vård på enkelrum enligt vår modell vara de mest effektiva åtgärderna för att minska antalet vårdrelaterade influensafall.
Delarbeten:
I. Sansone M, Andersson M, Brittain – Long R, Andersson LM, Olofsson S, Westin J, Lindh M. Rhinovirus infections in western Sweden: a four-year molecular epidemiology study comparing local and globally appearing types. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2013 Jul;32(7):947-54
II. Sansone M, Wiman Å, Karlberg ML, Brytting M, Bohlin L, Andersson LM, Westin J, Nordén R. Molecular characterization of a nosocomial outbreak of influenza B virus in an acute care hospital setting. J Hosp Infect. 2019 Jan;101(1):30-37
III. Sansone M, Andersson M, Gustavsson L, Andersson LM, Nordén R, Westin J. Extensive hospital in-ward clustering revealed by molecular characterization of influenza A virus infection. Clin Infect Dis 2020:71 (1 November)
IV. Sansone M, Holmström P, Hallberg S, Nordén R, Andersson LM, Westin J. Antiviral prophylaxis was the most effective preventive measure identified by system dynamic modelling of healthcare-associated influenza. In manuscript.
Om avhandlingen
Författare: Martina Sansone
Handledare: Johan Westin
Bihandledare: Lars-Magnus Andersson och Rickard Nordén
Opponent: Docent Anders Johansson, Institutionen för klinisk Mikrobiologi, Umeå Universitet
Disputationsdatum: 12 juni 2020